Die Sorge, private Drittmittel führten die Freiheit der Forschung an den Hochschulen in die babylonische Gefangenschaft von Unternehmensinteressen und die daraus resultierenden Berührungsängste zwischen Wissenschaft und Wirtschaft gehören einer fernen Vergangenheit an. Seit langem ist die früher oft ängstliche Distanz einer engen Zusammenarbeit zwischen Privaten und Hochschulen gewichen; die Politik nimmt mit größter Selbstverständlichkeit die Erfolge in der Einwerbung von Drittmitteln zum Maßstab für die Bemessung staatlicher Finanzierung. Dennoch erleben wir bei der drittmittelfinanzierten Forschung die Renaissance einiger überwunden geglaubter Probleme:
Auf der einen Seite steht die Wiederbelebung des Kontrollparadigmas, abzulesen etwa an der Diskussion über die Einführung von Zivilklauseln zur Eindämmung von Forschungen, die als unethisch bewertet werden, an der öffentlich beworbenen Aufforderung, unliebsame Forschungsaktivitäten in Internetplattformen öffentlich zur Diskussion zu stellen oder an der erbitterten Auseinandersetzung über die Grenzen der Transparenz bei der Förderung von Forschungsprojekten und Stiftungslehrstühlen.
Auf der anderen Seite wächst die Sorge, dass der schleichende Rückzug des Staates aus der Hochschulfinanzierung und die Beschränkung der öffentlichen Forschungsförderung auf ausgewählte Forschungsgebiete die Einwerbung von Drittmitteln zur Kompensation der Finanzdefizite erzwingt. Dieser Prozess droht Abhängigkeiten zu produzieren, die im Extremfall die Freiheit der Forschung gefährden können.
Der dritte Problembereich hat ebenfalls eine lange Tradition: Wie ist im Bereich der Forschung das Nebeneinander von Hauptamt und Nebentätigkeit zu organisieren; welche rechtlichen Grenzen ziehen Normbereiche, die nicht primär der Forschungsfreiheit verpflichtet sind?